Фамилия Мархотенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко изначально указывал на «сына» или «потомка»: Мархотенко — это буквально «сын Мархота» или «человек из рода Мархотов». Такая модель была настолько продуктивной, что охватила все слои населения — от казаков до крестьян, и фамилия Мархотенко не несёт однозначной сословной привязки.

Основа фамилии — прозвище Мархот. Оно восходит к украинскому слову «мархотка» или «мархіт», которое в разных говорах означало «морщина», «складка», а также «ветошка», «тряпка». В переносном смысле Мархотом могли назвать человека с морщинистым лицом, неряшливого в одежде или, напротив, того, кто занимался переработкой старого тряпья. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с уменьшительной формой имени Марк — Мархо, где суффикс -от добавлял пренебрежительный или фамильярный оттенок. Но в украинской антропонимии такие модели редки, и версия с прозвищем по внешности или ремеслу выглядит убедительнее.

Географически фамилия Мархотенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской. В России она встречается значительно реже и обычно связана с переселением украинцев в XVIII–XIX веках на Кубань и в южные губернии. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались как мещане и крестьяне, реже — казаки.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилия могла писаться как Мархотенко, Мархотенко или Мархотенка — с вариантом окончания -а, характерным для северных украинских говоров под влиянием белорусской традиции. Но основная форма на -енко закрепилась как литературная. Сейчас фамилия остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска в конкретном регионе.