Фамилия Мархотко напрямую связана с прозвищем Мархотка, а то, в свою очередь, — с украинским диалектным словом «махорка». Так называют однолетнее травянистое растение, один из видов табака. Поэтому первая и самая очевидная версия происхождения — «профессиональная»: прозвище Мархотка мог получить торговец табаком или, возможно, человек, который его выращивал и обрабатывал. Впрочем, не исключено, что прозвище закрепилось и просто за любителем крепкого курева, но версия о роде занятий выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная. К основе Мархот- добавили типичный для украинской и белорусской традиции уменьшительный суффикс -к-, а затем при образовании фамилии отпала конечная гласная, и получилось Мархотко. Это не суффикс принадлежности (-ов/-ев или -ин), как в большинстве русских фамилий, а характерный для юго-западных славянских земель формант -ко, который изначально выполнял роль уменьшительно-ласкательного или «сыновнего» суффикса. То есть фамилия отвечает не на вопрос «чей?», а скорее на вопрос «кто?» — Мархотко буквально означает «маленький Мархотка» или «сын Мархотки».

География бытования фамилии подтверждает её происхождение: Мархотко встречается преимущественно на территории Белоруссии, а также в западных и центральных областях Украины. Это характерный ареал для фамилий на -ко, которые массово формировались в этих регионах. Само слово «мархотка» в белорусских говорах тоже известно, что делает версию о местном, а не привнесённом извне прозвище более правдоподобной.

Интересно, что в русском языке закрепилась форма «махорка», а украинское «мархотка» сохранило более архаичный или диалектный вариант с «р» на стыке слогов. Возможно, это следствие местного произношения или влияния польского языка, где подобные перестановки согласных не редкость. Так или иначе, перед нами фамилия, которая почти без изменений сохранила исходное прозвище — редкий случай, когда слово-основа не затерялось в веках, а дошло до нас в узнаваемом виде.