Фамилия Маркиукайтите — редкий пример литовской фамилии, которая, несмотря на внешнюю сложность, строится по простой и прозрачной модели. В её основе лежит мужское имя Мартин, а точнее — его уменьшительная или производная форма Марси (Mарсюс). Само имя Мартин восходит к латинскому Martinus — «посвящённый Марсу», то есть «воинственный». В древнеримской традиции Марс был богом войны, поэтому имя изначально носило пожелательный или охранительный смысл.

Фамилия образована при помощи типичного для литовских фамилий суффикса -ait- (указывающего на происхождение от предка по мужской линии) и окончания -ė (в мужском варианте — -is). Полная форма Маркиукайтите (Marciukaitytė) в строгом смысле — девичья фамилия, которую в Литве носят незамужние женщины. Если бы речь шла о замужней женщине, окончание сменилось бы на -ienė (Маркиукайтене), а мужская форма фамилии звучала бы как Маркиукайтис (Marciukaitis). Таким образом, фамилия буквально означает «дочь Марси» или «потомок Марси».

Географически фамилия почти наверняка привязана к Литве, где такие патронимические модели (на -aitis/-ytis) особенно распространены в северных и центральных районах. Встречаются и варианты написания через «ч» — Marčiukaitis, что связано с особенностями литовской орфографии и диалектного произношения.

С точки зрения социального контекста, такие фамилии не указывают на дворянское происхождение — они типичны для крестьян и мещан, у которых в XIX веке при фиксации фамилий часто закрепляли прозвища, образованные от имени отца или деда. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что не удивительно: это локальная, относительно редкая фамилия, сохранившаяся преимущественно в Литве и среди литовской диаспоры.