Фамилия Маркочан — один из тех случаев, когда за привычным русскому уху окончанием скрывается иноязычная основа. Если не вглядываться, её легко принять за типичную восточнославянскую фамилию с суффиксом -ан (как Полупан, Горбань), но на самом деле она пришла к нам из молдавской или румынской традиции.

В её основе лежит имя Маркоч — народная форма имени Марк, распространённая в Молдавии и Румынии. Имя Марк, в свою очередь, восходит к латинскому Marcus. По одной из этимологических версий, оно связано с прилагательным marcus — «слабый, вялый», хотя более популярно иное толкование: «родившийся в марте» (от лат. Martius). В христианской традиции это имя носил евангелист Марк, сподвижник апостолов Петра и Павла, который, по преданию, бывал с ними в Риме, а затем основал церковь в Александрии и принял мученическую смерть в 68 году.

Имя Маркоч образовано по продуктивной для румынской ономастики модели с уменьшительным суффиксом -оч (-оц). А фамилия Маркочан возникла уже на следующем этапе: к имени Маркоч добавили типичный молдавский формант -ан. Такие суффиксы (-ан, -у, -ул, -еску) в румынском языке часто указывали на принадлежность к роду или происхождение: Маркочан буквально значит «потомок Маркоча» или «из рода Маркоча».

По сути, фамилия Маркочан — это не славянская, а романо-балканская по происхождению фамилия, но в русском контексте она давно обрусела и воспринимается как своя. Её носители, скорее всего, вели род от молдаван или румын, переселившихся на восток, в земли современной Украины или юга России, где фамилии на -ан часто адаптировались без изменений.