Фамилия Маркочева — женская форма, а мужская, Маркочев, в русской традиции закрепилась по схеме «чей?»: сын или потомок Маркоча. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Маркоч. Корень здесь — Марк, а вот суффикс -оч указывает на уменьшительно-ласкательную или, что вероятнее, на уничижительную форму. В русских говорах, особенно северных и сибирских, суффикс -оч (-еч) придавал имени оттенок пренебрежения или шутливой фамильярности: Иваш — Ивач, Петр — Петроч. Маркоч, таким образом, могло означать «маленький Марк» или «Марк, которого не слишком уважают», но скорее всего это было просто обиходное деревенское прозвище.

Само имя Марк — латинского происхождения (Marcus), в христианский именослов вошло через апостола и евангелиста. Однако фамилия Маркочев — не дворянская и не священническая. Модель на -ев (-ов) указывет на происхождение из среды крестьян или посадских людей: в XVI–XVII веках такие фамилии массово возникали как отчества от прозвищ. Никаких следов знатного рода Маркочевых в боярских книгах нет — это фамилия простого сословия.

Географически фамилия редкая. По данным современных переписей, Маркочевы встречаются в основном в Поволжье и на Урале — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области. Это совпадает с зоной активного расселения русских крестьян в XVII–XVIII веках, где фамилии часто фиксировались в церковных книгах именно с таким суффиксом. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из центральных губерний, где имя Марк было распространено, а прозвище Маркоч получил за малый рост или юный возраст.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Марко́чев. Встречающийся вариант Маркочо́в (с ударением на последний слог) — скорее влияние украинской или южнорусской традиции, где суффикс -ев под ударением звучит как -ёв. Но для фамилии Маркочев это нетипично: корень Марк- в русском языке ударение не смещает.

Других версий происхождения, кроме как от имени Марк, для этой фамилии нет. Связь с тюркскими корнями (например, «марка» — печать, знак) маловероятна: фамилия образована по чисто русской модели, а в тюркских языках суффикс -оч не используется в таком значении.