Фамилия Мартинкенайте — литовская по происхождению и женская по форме. Она образована от мужского личного имени Мартин, которое восходит к латинскому Martius — «посвященный Марсу», что в переносном смысле означает «воинственный». В Литве фамилии с суффиксом -айт, -ене, -уте, -юте и другими указывают на пол и семейное положение носителя. Окончание -айт (-aite) — это типичный литовский женский суффикс, который добавляют к основе отцовской фамилии. В данном случае Мартинкенайте — это дочь человека с фамилией Мартинкенас (или Мартинкус). «Мартинкенайте» буквально переводится как «дочь Мартинкенаса».

Корень фамилии — Мартин- — один из самых распространённых христианских имён в Европе, но в Литве он приобрёл местное звучание благодаря литовским суффиксам. Это не русская и не польская фамилия: её выдают характерные окончания, которые не встречаются в славянских языках. Если бы фамилия принадлежала мужчине, она звучала бы как Мартинкенас, а замужняя женщина носила бы форму Мартинкенене. Таким образом, Мартинкенайте — девичья фамилия, которую в Литве дают незамужней дочери.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что она сохранила архаичную литовскую модель называния по отцу — почти как отчество, но закреплённое юридически. В современной Литве такие фамилии встречаются, но не так часто, как в XIX — начале XX века, когда литовские фамилии только кодифицировались. Сейчас женщина может взять фамилию мужа или оставить девичью, а раньше смена окончания была обязательной. Фамилия Мартинкенайте — живое свидетельство этой традиции.