Фамилия Марюнич звучит на южнославянский лад, и это первая зацепка. Суффикс -ич — типичный для сербского, хорватского, черногорского и боснийского языков, где он образует отчества и фамилии со значением «сын такого-то» (ср. Милошевич, Ковачевич). В русской среде такой суффикс встречается реже и чаще всего указывает на западнорусские или украинские земли, находившиеся под влиянием Речи Посполитой, но основа фамилии выдает южное происхождение.

Основа — Марюн. Это уменьшительно-ласкательная форма от христианского имени Марин (от латинского Marinus — «морской») или от редкого имени Марьян (производного от Мария). В сербской и хорватской традиции такие усеченные формы с суффиксом -ун/-юн (Марюн, Радюн, Божун) были распространены в быту, а затем закрепились как фамилии. Таким образом, Марюнич буквально означает «сын Марюна», то есть потомок человека, которого в семье или в селе звали ласково Марюн.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом. На Балканах встречаются села с корнем «Мар» (например, Марибор, Мариндол), но для фамилии Марюнич конкретного географического прикрепления нет. Скорее всего, фамилия возникла в среде черногорцев или герцеговинцев, где суффикс -ич особенно частотен, а затем могла попасть в Россию или Украину вместе с переселенцами.

В русском контексте фамилия редкая. Если встретить её в старых метрических книгах, это почти наверняка укажет на выходца из Австро-Венгрии или Балкан — солдата, торговца или священника. Никакого сословного барьера у неё не было: -ич могли носить и крестьяне, и горожане. Написание устойчивое, без вариантов, что говорит о поздней фиксации в документах — скорее всего, в XIX веке.