Фамилия Марюнин — хороший пример того, как за простой на первый взгляд основой может скрываться сразу несколько версий происхождения, и ни одна из них не является очевидно ложной. На слух фамилия звучит как типичная «-ин»-фамилия, образованная от имени или прозвища, оканчивающегося на -я. Скорее всего, в основе лежит краткая форма крестильного имени. Самое вероятное — Марья (Мария), от которой образовали уменьшительное Маря или Марюня. Такое имя могли дать и мужчине: в русских деревнях нередко использовали женские имена в качестве прозвищ для мужчин (например, Маря, Дарья), часто с ироничным или уничижительным оттенком. Соответственно, Марюня — сын или потомок человека по прозвищу Маря.

Вторая версия отталкивается от того, что Марюнин может быть формой от мужского имени Мар (редкое, но встречавшееся в святцах как сокращение от Маркелл или Мартирий). Суффикс -юн- в данном случае — не уменьшительный, а словообразовательный элемент, с помощью которого от имени Мар делали прозвище Марюня. Такая модель встречается реже, но она возможна: например, от имени Иван — Иванюня, от Григорий — Гринюня. Тогда Марюня — это просто ласковое или обиходное именование человека по имени Мар.

Третья, менее распространённая гипотеза, выводит фамилию от прозвища, связанного с диалектным словом «маря» или «мара». В некоторых говорах «маря» — это мгла, туман, а также нечто неясное, смутное. Прозвище Маря могли дать рассеянному или неразговорчивому человеку. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается в регионах, где слово «мара» в значении «призрак, наваждение» было в ходу, но доказательств прямой связи с фамилией Марюнин мало.

Географически фамилия не массовая. Основной ареал — центральные и северные области России, в частности Вологодская и Архангельская губернии, где фамилии на -ин особенно характерны. Встречается также в Поволжье, что может указывать на переселения крестьян в XIX веке. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: дворянских родов Марюниных в истории не зафиксировано.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа Марюн- — это либо краткое имя, либо прозвище. Ударение обычно падает на второй слог: Марю́нин, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый.