Фамилия Маржинэ — редкий случай, когда в русской фамилии закрепилось ударение на последний слог и конечное «э» в написании. Это сразу указывает на нерусское происхождение, и здесь нужно разбираться не столько с корнем, сколько с путём, которым фамилия попала в русский язык.

Скорее всего, перед нами румынская или молдавская фамилия. В румынском языке суффикс `-eanu` (читается как «яну») образует фамилии от названий мест или ремёсел. Русская передача такого суффикса часто даёт «-ян» или «-ан», но в случае с Маржинэ мы видим искажение: исходная форма могла быть Mărginéanu (Мэржиняну). Корень `margine` (мэрджинэ) означает «край», «граница», «опушка». Таким образом, Маржинэ (или Мэржиняну) — это «крайний», «пограничный», «тот, кто живёт на краю села» или «на границе земель». Фамилия могла принадлежать крестьянину, чей надел находился на окраине общинных владений.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с французским словом `margine` (маржин) — «поля» (книги) или «запас». Однако для русской фамилии это экзотично. Такое прозвище мог получить переписчик книг или бухгалтер, но в массовом порядке французские корни в крестьянских фамилиях не встречаются. Версия с румынским (молдавским) происхождением выглядит куда правдоподобнее, особенно если учесть, что фамилии на «-э» характерны для Бессарабии и Приднестровья, где долгое время жило молдавское население.

В написании «Маржинэ» конечное «э» — это калька с румынского `ă` (звук, средний между «а» и «э»). В русском языке такое окончание — редкость, поэтому фамилия часто искажалась в документах: могли писать Маржина, Маржине, Маржиняну. Если искать однокоренные фамилии, то это Маржиняну (исходная), а также Маржин, Маржинов (русифицированные варианты). Географически фамилия Маржинэ встречается в основном на юго-западе России и в Молдове.

В сословном отношении носители такой фамилии — скорее всего, потомки крестьян или мещан, а не дворян. Фамилии на «-яну» в румынской среде были массовыми и не указывали на знатность.