Фамилия Масесов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, и первая мысль обычно ведёт не туда. Самый очевидный путь — связать её с именем Матвей или его сокращённой формой Мася. Однако в русской ономастике работает другой, более точный механизм: фамилия образована от прозвища или имени Масес через притяжательный суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Масесов», то есть сын, потомок или человек из семьи Масеса.

Корень «Масес» — это, вероятнее всего, форма еврейского мужского имени Мойше (Моисей). В среде евреев-ашкеназов на территориях Российской империи имя Моисей бытовало в разговорных вариантах: Мосес, Масес, Мойше. При переходе в русскую фамилию через суффикс -ов (характерный для русских фамилий, а не для еврейских на -зон или -ман) получилась именно «Масесов». Такая модель встречается у фамилий, которые зафиксировали в документах при записи в ревизские сказки или метрические книги, когда чиновник русифицировал окончание.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от тюркского или кавказского имени Масес, которое могло быть адаптацией арабского имени Масих (Мессия) или местного прозвища. Однако для этой гипотезы нет массовых подтверждений в фамильных списках, и она уступает первой по распространённости.

Географически фамилия Масесов тяготеет к югу Российской империи и Северному Кавказу, а также к регионам черты оседлости (Украина, Белоруссия, Молдавия), где смешивались еврейское и славянское население. Встречается она редко, и её носители в XIX веке могли быть ремесленниками, мелкими торговцами или служащими — сословная принадлежность не закреплена в самой фамилии, но контекст региона и корня подсказывает скорее городскую или местечковую среду.