Фамилия Машигина — женская форма фамилии Машигин, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, Ильин), основа здесь неочевидна. Самый вероятный путь — от прозвища или нецерковного имени Машига. В русских говорах слово «машига» имело несколько значений, и ключевое из них — «расторопный, проворный человек», а также «непоседа, юла». Так могли прозвать бойкого, деятельного человека, который всё делает быстро и энергично. Менее распространённое, но тоже возможное значение — «небольшой молот, колотушка»; в этом случае прозвище могло закрепиться за мастеровым, работающим с таким инструментом, например, за кузнецом или бондарем.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Машигин — сын или потомок Машиги. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Встречаются и однокоренные фамилии — Машигин, Машигов, — но Машигина — самая частотная форма, что говорит о её укоренённости в определённых регионах. Исторически фамилия была распространена в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектное слово «машига» было в ходу. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что подтверждает его давнее бытование не как редкого, а как локально известного.

Есть и альтернативная, менее убедительная версия: связь с тюркским именем Машик (уменьшительное от Махмуд или Мухаммед). Однако отсутствие широкого бытования фамилии в татарской среде и чёткая русская словообразовательная модель с суффиксом -ин делают эту гипотезу маловероятной. Скорее всего, предки носительницы фамилии Машигина — люди из северорусской крестьянской или ремесленной среды, получившие прозвище за живой нрав или за профессию.