Фамилия Маригина — женская форма, а её мужской вариант — Маригин. В основе фамилии лежит личное имя Марига. Это неканоническая, разговорная форма крестильного имени Марий. В святцах имя Марий встречается редко, но в русском быту оно существовало, дав начало целому ряду фамилий: Марьев, Марьин, Марьянов, а также Маригин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маригин — «сын Мариги».

Словообразовательная модель здесь простая и древняя: от полной или уменьшительной формы личного имени через притяжательное прилагательное. Но интереснее другое. В русских говорах слово «марига» имело и самостоятельное значение. В некоторых диалектах так называли человека маленького роста, невзрачного или слабого. В ономастике это не редкость: прозвище по внешности могло закрепиться как фамилия, если имя Марий было нераспространённым в конкретной местности. Поэтому нельзя исключать, что у части носителей фамилии предок получил прозвище Марига не от имени, а от диалектного слова.

География фамилии Маригин/Маригина — преимущественно центральные и северные области России. Встречается в архивах Вологодской, Костромской и Архангельской губерний. В этих краях имя Марий не было частым, что делает прозвищную версию более вероятной для ряда родов. Фамилия не относится к числу распространённых: по данным открытых источников, в современной России её носит не более нескольких сотен человек. Сравнение с однокоренными фамилиями — Марков, Марьин, Марьянов — показывает, что Маригин стоит особняком: у неё нет «громкой» биографии, она не связана с известными дворянскими родами или купеческими династиями. Это фамилия крестьянского или мещанского происхождения, что подтверждается записями в ревизских сказках XIX века, где Маригины числятся в основном как государственные крестьяне.

Таким образом, перед нами фамилия, которая могла возникнуть двумя путями: от редкого крестильного имени Марий через уменьшительную форму Марига или от прозвища по внешности. Второй вариант для большинства носителей выглядит убедительнее, так как имя Марий в русской среде было малозаметным.