Фамилия Марыгин образована от прозвища Марыга. Оно, предположительно, берет начало от праславянского существительного maryga со значением «пятно». Это нарицательное родственно русскому глаголы «марать». Вероятно, именование Марыга указывает на род занятий его обладателя. Так могли назвать того, кто был занят тяжелым физическим трудом и поэтому носил запачканную одежду. Не исключено, что прозвище Марыга отражает особенности внешности человека. Так могли назвать того, кто имел родимое пятно или крупную родинку на видном месте. Так и прозвище Марыга закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Марыгин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Марыга, со временем получил фамилию Марыгин.