Фамилия Марыгин происходит от прозвища Марыга, которое легло в основу фамилии по типичной для русских фамилий модели: к основе добавили притяжательный суффикс -ин, отвечающий на вопрос «чей?». То есть Марыгин буквально означает «сын Марыги» или «человек из рода Марыги». Модель с суффиксом -ин чаще встречалась на севере и в центральных русских землях, тогда как на юге и западе предпочитали -ов/-ев, так что география фамилии может указывать на северное или центральное происхождение рода.

Само прозвище Марыга, по наиболее правдоподобной версии, восходит к праславянскому слову maryga, родственному русскому глаголу «марать». В этом случае Марыга — тот, кто пачкается, и прозвище могло закрепиться за человеком, занятым тяжелым физическим трудом, после которого одежда неизбежно покрывалась пятнами: кузнецом, печником, маляром или землекопом. В старину такие бытовые прозвища не несли оскорбительного оттенка, а просто выделяли человека по самой заметной черте его жизни, и Марыга — типичный пример подобного именования.

Существует и вторая версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на жизнь: Марыгой могли назвать человека с родимым пятном или крупной родинкой на видном месте. В этом случае прозвище отражало бы особенности внешности, а не род занятий. Однако прямых письменных подтверждений этой версии нет, а связь с «марать» выглядит естественнее: от того же корня образованы и другие слова с похожей семантикой, так что первая гипотеза предпочтительнее.

Стоит заметить, что фамилия довольно редкая и не попала в число широко известных дворянских родов. Скорее всего, предки Марыгиных были крестьянами или посадскими людьми, а фамилия закрепилась в той среде, где прозвища передавались из поколения в поколение без особой фиксации в документах. Поэтому точных исторических сведений о первых носителях фамилии не сохранилось — о них можно судить только по самой модели образования и по значению основы.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «ы» в корне: это архаичный элемент, который указывает на древность прозвища. В современных фамилиях чаще встречается форма с «и» (Маригин), но вариант Марыгин сохранил более старую орфографию, что делает фамилию интересным примером для ономастов. По сути, Марыгин — это живое свидетельство того, как прозвище, данное по грязной работе или по пятну на коже, превратилось в устойчивое родовое имя и дошло до наших дней почти без изменений.