Фамилия Марагин — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается убедительнее, чем попытка вывести прозвище из нарицательного слова. Сразу скажем: основа «мараг» не встречается в русских говорах в значении «человек», и это главный ключ к разгадке.

Самый вероятный источник фамилии — топоним Марага. Так называется город в Иране, в провинции Восточный Азербайджан. Выходцы из этого региона, переселявшиеся в Российскую империю (особенно в Закавказье и южные губернии), могли получить прозвание Марагинец или Марага, которое позже оформилось в фамилию Марагин. Суффикс -ин здесь работает по стандартной русской модели: он указывает на принадлежность к лицу или месту (ср. Тверитин — Тверитинов, Казань — Казанин). Таким образом, Марагин — это «потомок того, кто родом из Мараги».

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с прозвищем от диалектного слова «марага» — так в некоторых русских говорах могли называть неопрятного, грязного человека (от «марать»). Однако эта гипотеза слабая: слово «марага» в таком значении не фиксируется авторитетными словарями как распространённое. Если бы фамилия была образована от глагола «марать», мы бы ожидали форму Марагин от прозвища Марага, но тогда пришлось бы объяснять, почему прозвище звучит именно так, а не, скажем, Маратель.

В русских фамилиях на -ин, образованных от прозвищ на -а, основа обычно ясна (например, Борода — Бородин). В случае с Марагиным прозрачного бытового корня нет, что и склоняет чашу весов в пользу топонимической версии. Фамилия редкая, встречается в основном на юге России и в Закавказье, что косвенно подтверждает её «иранский» след.