Фамилия Марлагин — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа, «Марлаг», не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах, поэтому основная версия отталкивается от географии и диалектов. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия реки или местности. На ум приходит река Марлага в Архангельской области, правый приток Пинеги. Если предок жил на её берегах, прозвище «Марлага» могло означать «живущий у Марлаги», а суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Марлаги».

Суффикс -ин в русских фамилиях обычно крепится к основам на -а/-я. Сравните: Марлага → Марлагин. Модель типичная для северных и центральных губерний. Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими корнями. В коми-зырянском языке есть слово «марла» — «глухой, тихий» (о человеке или месте). Если прозвище Марлага дали нелюдимому или молчаливому человеку, фамилия получила бы то же звучание. Однако географическая привязка кажется надёжнее: в Архангельской и Вологодской губерниях фамилии от названий рек и ручьёв встречаются часто, а Марлага — реальный гидроним.

Фамилия недворянская и нестаринная. Скорее всего, Марлагины — потомки крестьян или поморов, живших в бассейне Северной Двины и её притоков. В дореволюционных переписях эта фамилия не фигурирует в списках служилого сословия, что подтверждает её «низовое» происхождение. Интересно, что фамилия не получила распространения за пределами Русского Севера: в современных базах данных Марлагины встречаются точечно, в основном в Архангельской области и соседних регионах.

В написании возможна путаница с фамилией Марлыгин (от тюркского «марлык» — пастух или от диалектного «марлыга» — неуклюжий человек), но это отдельная линия. Марлагин же — случай, когда географическое имя перешло в родовое, и носитель фамилии может считать себя связанным с конкретным местом на карте Русского Севера.