Фамилия Марагинский — редкий пример, где географическая основа очевидна, но не лежит на поверхности. Корень «Мараг» отсылает к иранскому городу Мараге (Марага) в провинции Восточный Азербайджан. В средневековье этот город был крупным научным центром: там работала знаменитая Марагинская обсерватория, построенная в XIII веке астрономом Насир ад-Дином ат-Туси. Фамилия образована по типичной модели «основа + суффикс -ин- + -ский», что в русском ономастиконе указывает на происхождение из определённой местности. То есть Марагинский — это «тот, кто родом из Мараги». Формант -ский в таких фамилиях чаще встречался у дворянства и духовенства, но в XIX веке его могли присваивать и выходцам из духовных училищ, и просто людям, получившим фамилию по месту рождения или службы.

В России эта фамилия почти наверняка связана не с прямыми выходцами из Ирана, а с церковной или академической средой. Семинаристы, окончившие курс, нередко получали фамилии по названиям библейских или исторических городов: Иерусалимский, Вифлеемский, Афонский. Марагинский мог появиться в духовном училище, где преподаватель или ученик интересовался восточной историей, либо как «учёная» фамилия в честь Марагинской обсерватории. Есть и более прозаичная версия: фамилию могли дать священнику, служившему в храме, посвящённом какому-либо святому, связанному с Востоком, но это менее вероятно.

Суффикс -ин- в середине слова (Мараг-ин-ский) необычен: обычно топонимические фамилии на -ский образуются напрямую от названия (Марагский). Появление -ин- говорит о том, что основой могло быть не прямое название города, а притяжательное прилагательное «марагинский» (то есть «относящийся к Мараге»), которое затем закрепилось как фамилия. Это сближает её с более частыми формами вроде Казанский или Астраханский, но с дополнительной ступенью словообразования.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных Марагинские единичны, и почти все они — потомки духовенства из центральных губерний России. Никакой связи с татарскими или кавказскими родами, вопреки ожиданиям, не прослеживается: это чисто книжная, семинарская фамилия, которую давали за успехи в науках или просто по решению начальства училища. Если ваш предок носил её в XIX веке, он почти наверняка был либо священником, либо учителем церковно-приходской школы.