Фамилия Машиков — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа не даёт однозначного ответа. На первый взгляд, корень «маш-» легко связать с глаголом «махать» или существительным «машина». Но в русских фамилиях «машина» появилась слишком поздно (XIX–XX века), чтобы стать основой для массовой фамилии. Поэтому первая и самая вероятная линия — прозвище Машик.

Прозвище Машик могли дать человеку с характерным жестом: тому, кто часто машет руками при разговоре, или, наоборот, неуклюжему, кто «машет» локтями. В северных и сибирских говорах «машик» — это ещё и уменьшительное от «маха́» (небрежный, размашистый человек). Фамилия образована по стандартной модели «основа + -ов»: Машик → Машиков, то есть «сын Машика». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, что типично для русских фамилий XVI–XVII веков.

Менее распространённая, но реальная версия — связь с личным именем Маша. В крестьянской среде фамилии могли образовывать от женских имён, если женщина была главой семьи или вдовой (ср. Машин, Машков). Однако Машиков — нестандартная форма: обычно от имени Маша получается Машин, а Машиков требует промежуточного прозвища Машик («маленькая Маша» или «сын Маши»). Такое встречается редко, но исключать нельзя.

В отчествах и фамилиях на -ик нередко скрывается указание на профессию или предмет. Машиком в некоторых диалектах называли ручной ткацкий станок (от «махать» челноком). Тогда Машиков — потомок ткача или мастера, работавшего на таком станке. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия фиксируется в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, где ткачество было одним из основных промыслов.

Фамилия Машиков — не массовая, но устойчивая. Она встречается в центральных областях России и на Урале, но заметно реже, чем однокоренные Машков, Машев или Машин. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не выделяется отдельной статьёй, что говорит о её локальном характере. Скорее всего, предки носителей фамилии — крестьяне или ремесленники из северных регионов, где и закрепилось прозвище Машик.