Фамилия Масильонес — редкая и нехарактерная для русского языка. Её основа и окончание выдают в ней фамилию иностранного, скорее всего, испанского или португальского происхождения. В русском языке нет суффиксальной модели, которая образовывала бы фамилии на -онес, поэтому сразу отбрасываем версию о славянских корнях. Скорее всего, перед нами форма множественного числа от испанской фамилии Masillón или её варианта.

Исходное слово, от которого пошла фамилия, — испанское masilla (мастика, замазка) или masillero (торговец мастикой). В средневековой Испании прозвище Masillón могли дать ремесленнику, работавшему со строительными смесями, или человеку, жившему в доме с характерной вывеской. Окончание -es в испанском языке указывает на отчество или принадлежность к роду: Масильонес буквально означает «сыновья Масильона» или «род Масильона». Таким образом, фамилия фиксирует не одного человека, а целую семейную ветвь.

В русском контексте фамилия Масильонес могла появиться в результате эмиграции — например, через потомков испанских дворян, бежавших в Российскую империю в XIX веке, или через советских специалистов, работавших в Испании в 1930-е годы. Встречается она крайне редко, в основном в документах XX века. Поскольку фамилия не прошла естественной русификации (суффиксы -ов, -ин не добавились), её носители, вероятно, долго сохраняли память об иностранных корнях и не стремились адаптировать написание.

Единственная правдоподобная версия происхождения — профессиональное прозвище предка-ремесленника, связанного с мастикой или шпаклёвкой. Альтернативные гипотезы (от названия местности Macillón или от личного имени) не имеют под собой твёрдой основы, так как ни в Испании, ни в Португалии не зафиксировано крупных топонимов с таким корнем.