Фамилия Матафонова образована от прозвища Матафон, которое восходит, вероятно, к итальянскому слову matafione – «найтов», т.е. всякая обвязка, скрепа веревкой на корабле. Таким образом, это прозвище Шапир относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии. Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Матафон мог получить моряк, матрос. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Матафон, со временем получил фамилию Матафонова.