Фамилия Матафоноф — редкий случай, когда написание через «ф» в конце не ошибка, а сознательный исторический выбор. Обычно такие фамилии заканчиваются на «-ов», но здесь мы видим архаичную форму, закрепившуюся в дореволюционной орфографии: «ф» вместо «в» — это следствие церковнославянского или старого гражданского письма, где «в» на конце слова могло читаться и писаться как «ф». Встречается это у старообрядцев или в семьях, где фамилию записали со слуха и позже не переоформили.

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Матафон. Его происхождение спорно, но наиболее убедительная версия связывает его с греческим словом «матафон» (ματάφων) — «глазастый», «зоркий», от «мати» (глаз). В греческих диалектах так могли называть человека с острым зрением или, наоборот, с большими, выразительными глазами. Учитывая, что греческое влияние на русскую ономастику шло через Византию и южнославянские земли, прозвище могло попасть в русские говоры через торговые или церковные контакты.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «матафонить» (суетиться, мельтешить, делать что-то быстро и бестолково). В таком случае Матафон — прозвище непоседливого, суетливого человека. Но эта гипотеза слабее: глагол редкий, локальный, а фамилия встречается в центральных и южных областях России, где греческий след исторически заметнее.

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: Матафоноф — буквально «сын Матафона». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается она крайне редко, в основном в документах XIX — начала XX века по Тамбовской, Воронежской и Саратовской губерниям. В советское время написание могли «исправить» на Матафонов, но часть носителей сохранила исходную форму.