Фамилия Матафонов восходит, вероятно, к итальянскому слову matafione – «найтов», т.е. всякая обвязка, скрепа веревкой на корабле. Таким образом, прозвище Матафон мог получить моряк, матрос. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Матафон, со временем получил фамилию Матафонов.