Фамилия Матофонов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным, не слишком приятным ремеслом. В её центре — слово «матофон». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли мастера по валянию валенок или шерстобита. Точнее, «матофонить» означало «мять, трепать шерсть, валять войлок». Человек, который этим занимался, получал прозвище Матофон, а его потомки — фамилию Матофоновы. Связь с шумным и пыльным производством здесь прямая: звук «матофонить» — звукоподражательный, он передаёт глухой стук валяльного инструмента.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — сын Матофона. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях она встречается крайне редко, что неудивительно: прозвище было узкопрофессиональным и не повсеместным. Основной ареал — северные губернии (Вологодская, Архангельская) и Урал, где валяльный промысел был развит особенно сильно. В современной России фамилия остаётся малочисленной, но компактно встречается в тех же регионах, а также в Сибири, куда переселенцы унесли её с собой.

Иногда в интернете можно встретить попытку связать фамилию с греческим «матофонос» — «убийца матери». Это ложноэтимологическая версия, не имеющая под собой никаких исторических оснований. Русская фамилия не могла возникнуть от греческого сложного слова без промежуточного бытового прозвища, а такого прозвища в русском языке не зафиксировано. К тому же ударение в фамилии исконно русское — на второй слог (Мато́фонов), что исключает заимствованную основу. Версия с валяльщиком шерсти не только логичнее, но и подтверждается живыми говорами.

Таким образом, Матофонов — это «фамилия по профессии», причём по профессии шумной, физически тяжёлой и незамысловатой. Предок носителя этой фамилии был не воином и не священником, а ремесленником, который днями напролёт мял войлок, превращая овечью шерсть в тёплые валенки.