Фамилия Матафонов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Матафонов восходит, вероятно, к итальянскому слову matafione – «найтов», т.е. всякая обвязка, скрепа веревкой на корабле. Таким образом, прозвище Матафон мог получить моряк, матрос. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Матафон, со временем получил фамилию Матафонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Матафонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Матафонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.