Фамилия Матбабаев — одна из тех, что не укладывается в стандартную славянскую модель «от имени или прозвища + суффикс принадлежности». Её корни уходят в тюркскую и, скорее всего, узбекскую или каракалпакскую среду, где сложные имена с компонентом «бабай» (дед, старик, а в переносном смысле — уважаемый, мудрый человек) были обычным делом. Первая часть «мат» — сокращение от имени Матмурат, Матназар или подобных, где «мат» восходит к арабскому «матлу» (желанный, просимый). В итоге имя Матбабай могло означать «желанный дед» или «просимый старец» — не буквально по возрасту, а как пожелание, чтобы ребёнок вырос уважаемым и долгоживущим.

Суффикс «-ев» в русской записи фамилии — типичный способ адаптации тюркских фамилий в документах Российской империи и СССР. В оригинале фамилия могла звучать как Матбабаев (с ударением на последний слог) или Матбабай-оглы («сын Матбабая»). При переписях и паспортизации в XX веке тюркские патронимы часто русифицировали, добавляя окончание «-ов/-ев», чтобы фамилия вписалась в общую систему. Поэтому Матбабаев — это не отчество в привычном русском понимании, а переоформленное имя отца.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, особенно к Хорезмской области и Каракалпакстану, реже встречается в Таджикистане и среди каракалпаков. В России носители Матбабаева — это почти всегда потомки мигрантов из Средней Азии, часто узбеки или каракалпаки. Среди русских фамилий она редкая, и её носители, как правило, хорошо помнят о своих корнях.

Если смотреть на модель образования, то Матбабаев стоит в ряду таких фамилий, как Матназаров, Матмуродов, Маткаримов, где первая часть «мат» — общий элемент, указывающий на происхождение от имени с пожелательной семантикой. В этом смысле фамилия не несёт указания на род занятий или сословие — она чисто патронимическая, и предки могли быть кем угодно: от дехкан до ремесленников. Единственное, что можно предположить с высокой вероятностью: основатель рода носил имя Матбабай, которое дали ему в честь деда или как знак уважения к старшим.