Фамилия Матеэнко — украинская по модели образования, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Формант -енко в украинской ономастике — самый распространённый патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые исторически были более характерны для великорусских земель, фамилии на -енко массово закрепились на Левобережной Украине, в частности в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, в казачьей среде. Носитель фамилии Матеэнко — потомок человека, носившего личное имя или прозвище Матей.

Основа фамилии — Матей. Это народная форма христианского имени Матфей, которое пришло из древнееврейского Маттитьяху — «дар Яхве» (Божий дар). В украинском языке имя Матфей дало несколько просторечных вариантов: Матій, Матей, Матвій. Форма Матей (с ударением на второй слог) особенно распространена в западных регионах Украины, а также у поляков и белорусов. Учитывая фамильный суффикс -енко, скорее всего, предок носителя фамилии жил на территории Центральной или Восточной Украины, где бытовали смешанные формы имени, либо же семья мигрировала с запада на восток.

Прозвище или мирское имя Матей мог получить человек, названный в честь апостола Матфея — одного из двенадцати учеников Христа, бывшего мытаря (сборщика налогов). В народной среде такие имена часто давали не при крещении, а в быту, чтобы отличать односельчан с одинаковыми церковными именами. Фамилия Матеэнко, таким образом, несёт в себе указание на религиозную традицию и одновременно — на конкретного предка, которого звали Матей.

С географической точки зрения фамилия редкая. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно в Украине и среди украинской диаспоры. Её можно спутать с более частотной фамилией Матеенко (без мягкого знака в основе), но разница в написании — «Матеэнко» — указывает на возможное влияние польской или белорусской орфографии, где буква «э» передаёт твёрдый звук [э] после согласного. В русской передаче фамилию часто записывают на слух как «Матеенко», что стирает её исходное звучание.

Социальный контекст: как и большинство фамилий на -енко, Матеэнко не указывает на дворянское происхождение. Скорее всего, предки были крестьянами или казаками, получившими фамилию по отцу после отмены крепостного права или в ходе ревизских переписей XIX века. Дворянские роды с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксированы.