Фамилия Матегорина — женская форма, мужская, соответственно, Матегорин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Матегора. Разобрать эту фамилию проще всего через географию: слово «матера», «матёрая» в русских говорах означало «большая земля», «материк» или «коренная, старая земля». Отсюда же идёт и «материк». Человек по прозвищу Матегора — скорее всего, выходец с «матерых», то есть коренных, исконных земель, либо переселенец с большой земли на новое место.

Модель образования типична для русского Севера и Поморья: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Матегоры, дочь Матегоры. Фамилия недвусмысленно привязана к топониму Матегоры — так называются несколько деревень в Архангельской области (Холмогорский район) и в бывшей Вологодской губернии. Носители фамилии Матегорины — это потомки крестьян и посадских людей с Северной Двины, где фамилии на -ин вообще преобладают.

В ономастике есть и вторая, менее вероятная версия: от диалектного «матегорый» — «крепкий, здоровый, взрослый». Тогда прозвище давали рослому, сильному человеку. Но поскольку фамилия чётко совпадает с реальным названием селений, топонимическое объяснение убедительнее. Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе «географических» — образованных от названий мест, откуда человек родом.

Встречаемость фамилии остаётся северной: Архангельская область, Мурманская область, Карелия. В центральных регионах России она редка. Социальный контекст — крестьянство и мещанство, никакого дворянства, но и не случайная пришлая фамилия. Документы XVII–XVIII веков фиксируют в Холмогорском уезде крестьян Матегорских и Матегориных — это один корень, различавшийся только окончанием.