Фамилия Матнынова — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не лежит на поверхности. С первого взгляда кажется, что в ней слышится что-то «матное», но это ложный след. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Матненова или Матнёнова, где корень восходит к личному имени Матвей через его просторечную или диалектную форму.

В русских говорах имя Матвей нередко сокращали до Матня — так могли звать человека в быту, в кругу семьи или в деревне. От этого уменьшительного прозвища и пошла фамилия Матнынов (или Матнёнов), а форма Матнынова — это женский вариант или запись фамилии с устоявшимся окончанием. Суффикс -ов указывает на типичную модель образования: «чей?» — Матнынов, то есть сын или потомок Матни.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «матня». В разных регионах так называли либо сеть для ловли рыбы (часть невода), либо мешок, либо, в переносном смысле, неповоротливого или нерасторопного человека. Если прозвище Матня дали рыбаку или тому, кто вязал сети, фамилия могла закрепиться за родом промысловиков. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвища от названий орудий труда встречаются реже, чем от имён, и обычно они более прозрачны.

Географически фамилия Матнынова почти не встречается в открытых данных — это не массовая, а локальная единичная фамилия. Возможно, она бытовала в северных или центральных областях России, где имя Матвей было особенно популярно, и где в говорах сохранялась форма Матня. Современные носители, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по деду-Матвею.