Фамилия Маточкины — редкий случай в русской ономастике: она принадлежит к небольшой группе метронимических фамилий, то есть образованных не от имени или прозвища отца, а от материнского именования. Большинство русских фамилий — патронимические (по отцу), и уже одно это выделяет Маточкиных из общего ряда. В основе фамилии лежит прозвище Маточка, которое возникло от существительного «матка» с уменьшительно-ласкательным суффиксом -очк-. В прошлом маткой называли мать, и это слово несло в себе тепло и главенство: мать была не просто родительницей, но и стержнем семьи, её главой. Поэтому прозвище Маточка могло закрепиться за человеком по имени матери, что и дало жизнь фамилии Маточкин.

Но у этой фамилии есть и второй, более приземлённый смысловой пласт. Мамой в старину называли не только родную мать, но и кормилицу — женщину, которая вскармливала грудью чужого ребёнка, а также старшую няню. Соответственно, фамилия Маточкин могла закрепиться за ребёнком, которого выходила и выкормила другая женщина. Такое прозвище становилось наиболее употребительным именованием человека в быту, а затем, по обычной русской модели, легло в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маточкин буквально значит «сын Маточки», и это роднит фамилию с такими же метронимическими образованиями, как Аннушкин, Катин или Мамин.

Среди известных носителей фамилии — Юрий Семёнович Маточкин (1931–2006), учёный-экономист и политик, который в 1991–1996 годах возглавлял администрацию Калининградской области, а затем входил в Совет Федерации. Его биография — редкий случай, когда фамилия с таким домашним, почти ласковым звучанием вышла на высокий государственный уровень. Сама же фамилия остаётся немногочисленной и встречается в основном в центральной России, где прозвищные имена с уменьшительными суффиксами были особенно распространены.