Фамилия Матракшина — женская форма от Матракшин. С точки зрения словообразования это типичная «-ин» фамилия, образованная от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Модель простая: основа Матракш- плюс суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — сын или потомок Матракши. Вопрос упирается в саму основу: что такое «Матракша»?

Прозвище Матракша могло возникнуть от слова «матрак», в русских говорах означавшего толстую подушку, тюфяк, набитый чем-либо. В переносном смысле так могли назвать человека грузного, медлительного или любителя поспать. Однако у этой версии есть слабое место: фамилии от «матрас» обычно выглядят как Матрасов, Матрасников. Окончание -ша указывает скорее на иноязычную основу, чем на чисто русское слово.

Более правдоподобна версия тюркского происхождения. В татарском и башкирском языках есть имя Матрак (Матраж), которое восходит к арабскому «матрук» — «оставленный, покинутый» (в смысле «оставленный на попечение Бога»). Такие имена давали, чтобы защитить ребёнка от сглаза или болезней. Русский суффикс -ша превращает тюркское Матрак в ласкательную или обиходную форму Матракша, характерную для регионов с плотным татаро-русским контактом, например, для Поволжья, Урала или юга Сибири.

Фамилия редкая. В дореволюционных метрических книгах она встречается в основном в Казанской, Симбирской и Уфимской губерниях — в зоне смешанного населения, где крещёные татары и русские крестьяне жили бок о бок. Сословно носители фамилии чаще всего были государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов Матракшиных не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Матраков, Матрасов, Матрашкин — показывает, что Матракшина стоит особняком: в ней сохранился тюркский корень, не переосмысленный через русское «матрас». Это говорит о том, что предки носителя фамилии скорее всего были выходцами из тюркской среды, принявшими православие, но сохранившими исходное родовое имя в нетронутом виде.