Фамилия Маракшина — женская форма фамилии Маракшин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Маракша. Это слово с затемнённой этимологией, и здесь открывается простор для обоснованных гипотез.

Самый вероятный путь — связь с древнерусским глаголом «маракать» (или «мороковать»), что значило «темнить, морочить, говорить неясно, делать кое-как». В северных и центральных говорах «марака» — человек, который делает что-то неумело, медленно, или же, наоборот, колдун, знахарь, «морокующий» над больным. Прозвище Маракша могло закрепиться за ворчуном, нерасторопным работником либо за знахарем, которого побаивались. Второй вариант — от тюркского корня «мара» (цель, намерение) с уменьшительным суффиксом -кша, но для русской фамилии это менее характерно.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа на -а от прозвища плюс патронимический суффикс -ин. Маракшин буквально означал «сын Маракши». Подобные фамилии на -ин чаще всего встречались в северных и поволжских землях, где была распространена «акающая» речь и окающие говоры.

Встречается написание «Морокшин» — это фонетический вариант, где корень «марак-» переосмыслился под влиянием слова «морок» (туман, обман). В старых переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских с прозвищем Маракша, особенно в Вятском и Пермском крае, где охота и знахарство были частью быта.

Фамилия редкая, без громких исторических носителей. Её ценность — в бытовом портрете предка: скорее всего, это был человек непростой, с характером, возможно, связанный с народным врачеванием или просто слывший неспешным и себе на уме.