Фамилия Матракшин — редкая и звучит необычно, но её происхождение укладывается в одну из типичных для русских фамилий моделей. В основе лежит прозвище или мирское имя Матракша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Матракши. Такая модель (основа на -а/-я + -ин) характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ с гласным окончанием, и широко распространена в северных и центральных регионах России.

Что могло означать слово «матракша»? Здесь есть два правдоподобных объяснения. Первое — оно связано с диалектным словом «матрак», которое в некоторых говорах обозначало нечто грубое, неуклюжее, а также могло относиться к тюфяку или подстилке. Второе, более вероятное — это вариант имени Матвей или Матфей. В просторечии эти имена нередко приобретали уменьшительно-пренебрежительные формы: Матря, Матраня, а от них — Матракша. Если так, то предок носителя фамилии был попросту Матвеем, которого в быту звали Матракшей.

География фамилии подтверждает её русские корни. Основные очаги встречаются в Поволжье, особенно в Нижегородской области и Мордовии, а также на Урале. Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде крестьянского или посадского населения, не имевшего отношения к дворянству. В дореволюционных документах Матракшины фигурируют как государственные крестьяне или мещане.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Матраков, Матрасов, Матрашов — показывает, что Матракшин стоит особняком: суффикс -акш- редок и придаёт прозвищу оттенок снисходительности, почти как в именах Тимошка или Ивашка. Это лишний раз говорит о бытовом, неофициальном происхождении основы.