Фамилия Маракшин — одна из тех, что хранят в себе прозвище, а не крестильное имя. В её основе лежит слово «маракша» или «марокша». В старых русских говорах так называли неопрятного, неряшливого человека, замарашку. Связь с глаголом «марать» (пачкать) прослеживается напрямую: суффикс -кш- в слове «маракша» — редкий и архаичный, он встречается в единичных прозвищах и указывает на носителя действия или признака. Таким образом, прозвище Ма(о)ракша давали тому, кто ходил в грязной одежде или не следил за собой.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Маракшин — буквально «сын Ма(о)ракши», «из рода Ма(о)ракши». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый или мягкий согласный, -ин чётко привязывается к основе женского или прозвищного типа.

В некоторых говорах слово «маракша» имело и другой смысл — так называли не только неряху, но и нерасторопного, медлительного человека. Поэтому нельзя исключать, что прозвище относилось не к внешнему виду, а к характеру. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным «маракуша» — от «мараковать» (понимать, соображать). Но здесь путаница: маракуша — это смышлёный человек, а маракша — явно с отрицательным оттенком. Скорее всего, это два разных слова, которые случайно созвучны.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что указывает на её позднее закрепление в крестьянской среде после отмены крепостного права. Среди Маракшиных не было дворянских родов — это фамилия простого сословия, где прозвище давали по бытовой черте. В современном написании закрепилась форма с буквой «а» в первом слоге, хотя в документах XVIII–XIX веков встречается и «Морокшин» — от диалектного «морок» (мрак, тьма), что могло означать угрюмого человека. Но эта версия слабее: слово «морок» дало бы фамилию Мороков или Морочкин, а не Маракшин.