Фамилия Матруненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по самой продуктивной модели восточнославянской ономастики. Суффикс -енко, означающий «маленький» или «сын» (аналог русского -ович), указывает на происхождение от отца по имени или прозвищу. В основе фамилии лежит личное имя Матруна — разговорная, народная форма крестильного имени Матрона (от латинского matrona — «знатная женщина, мать семейства»). Таким образом, Матруненко буквально означает «сын Матруны» или «потомок Матруны».

Имя Матрона было широко распространено в украинских и южнорусских землях, особенно в крестьянской и мещанской среде. В быту его часто произносили и писали как Матруна, что и закрепилось в фамилии. Географически фамилия Матруненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Сумщине, а также встречается на Кубани, куда переселялись украинские казаки и крестьяне. Написание с двумя «н» (Матрун-енко) типично для украинской орфографии и сохраняет полноту основы.

Интересно, что фамилия Матруненко стоит в одном ряду с более редкими Матрунчик, Матруняк и Матрунин. Все они происходят от одного корня, но различаются суффиксами, которые указывают на региональные особенности словообразования. Если Матруненко — это «сын Матруны», то Матрунин — уже русский вариант с суффиксом принадлежности (-ин), а Матруняк — западноукраинский вариант с суффиксом -ак. Такое разнообразие говорит о том, что имя Матруна было живым и популярным в народе, а не только церковным.

Сословно фамилия Матруненко не имела аристократического статуса. Как и большинство фамилий на -енко, она закрепилась в среде казачества, крестьянства и мещан. В реестрах запорожских казаков встречаются подобные фамилии, но конкретный носитель Матруненко документально не прослеживается в ранних списках. При этом сам тип фамилии говорит о том, что предок был человеком свободного состояния, а не крепостным, поскольку на Украине фамилии на -енко активно формировались именно в казачьей среде.