Фамилия Мотруненко — одна из тех, чья форма сразу подсказывает географию и способ образования. Суффикс -енко — верный признак украинского происхождения. В XVII–XVIII веках на Левобережной и Слободской Украине этот патронимический суффикс практически вытеснил другие: он означал «сын» или «потомок» (аналогично русскому -ов/-ев). Так что Мотруненко — это буквально «сын Мотруны».

Сложность в том, что основа «Мотрун-» неочевидна. Самый вероятный путь — от имени Мотруна. Это народная, разговорная форма крестильного женского имени Матрона (от латинского mātrona — «знатная женщина, мать семейства»). В украинском языке имя Матрона дало множество производных: Матруна, Мотрона, Мотруня, Мотрунка. Отчество от матери по такой модели — не редкость в украинской традиции (сравните: Марусенко, Настенко, Оксенко). Если предка звали Мотруной, то её сын получал прозвание Мотруненко.

Есть и другая, менее распространённая версия. В польском и украинском языках существовало слово мотрун — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного человека или увальня. Однако эта версия слабее: прозвища от нарицательных слов реже дают фамилии с суффиксом -енко, который прочно закрепился именно за производными от имён. Кроме того, имя Мотруна было очень популярно на Украине в XIX веке, и это делает антропонимическую версию основной.

Фамилия Мотруненко почти не встречается за пределами Украины. По данным современных баз, её носители сосредоточены в основном в центральных и восточных областях — Полтавской, Черкасской, Днепропетровской. Это логично: именно здесь в XVIII–XIX веках активно формировались фамилии на -енко у казаков и крестьян. В России фамилия редкая и, скорее всего, появилась в результате миграций конца XIX — начала XX века.

Таким образом, Мотруненко — типичная украинская фамилия-патроним, образованная от женского имени Мотруна (Матрона). Предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из казацкой или крестьянской среды Левобережной Украины, а сама фамилия закрепилась за ним как «сын Мотруны».