Фамилия Матуненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась на Левобережье и Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок», то есть Матуненко — буквально «Матунин сын». Основа здесь — Матуня, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Матвей. В украинском языке имя Матвей часто переходило в обиходные варианты вроде Матуня, Матусь, Матюха. Так что предком носителя фамилии был человек по имени Матвей, которого в семье или в селе звали ласково Матуней.

Интересно, что фамилия Матуненко практически не встречается за пределами Украины и южных областей России — это локальный, «гнездовой» тип. В отличие от распространённых Матвеенко или Матюшенко, форма Матуненко редкая: она образована не напрямую от имени, а через промежуточное прозвище или домашнее имя Матуня. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в конкретном роду, где такое обращение было устойчивым. В реестрах запорожских казаков или метрических книгах Полтавщины можно встретить единичные записи Матуненко — скорее всего, это потомки одного небольшого рода.

Морфологически фамилия простая: корень Матун-, суффикс -енко. Ударение, как и у большинства украинских фамилий на -енко, падает на предпоследний слог: Матуне́нко. Вариантов написания практически нет — фамилия не подвергалась русификации, так как суффикс -енко в русском языке не заменяли на -ов, а сохраняли как есть. В отличие от фамилий вроде Матунов или Матунин (русских по модели), Матуненко чётко маркирует украинское происхождение.

Если сравнивать с однокоренными: Матусевич (белорусская патронимическая модель), Матуляк (западноукраинская), Матвеев (русская) — Матуненко стоит особняком как типично украинская форма, привязанная к определённому региону. Социальный контекст прост: предки были крестьянами или казаками, и фамилия возникла не в канцелярии, а в быту, от того, как соседи называли сына Матуни.