Фамилия Матунина — женская форма от Матунин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Матуня. В основе лежит корень «мат-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое вероятное: Матуней в семье могли ласково называть мать, бабушку или вообще старшую женщину. В таком случае фамилия — это отчество от домашнего, «материнского» прозвища, которое закрепилось за детьми или внуками. Реже Матуней могли прозвать мужчину — излишне мягкого, заботливого или того, кого воспитывала одна мать.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Матунин, то есть сын или потомок Матуни. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а, -я. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская, поскольку в основе лежит не церковное, а бытовое имя. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища встречались в северных и центральных губерниях, где было принято называть людей не по отцу, а по матери — если она играла главную роль в семье.

Любопытная деталь: фамилия Матунин (и Матунина) могла возникнуть независимо в разных регионах, но чаще всего её фиксируют в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. В южных говорах «матуня» означало ещё и «матушка», «попадья» — в таком случае фамилия могла указывать на происхождение из семьи священника, но это менее распространённая версия.

Сегодня фамилия редкая. В официальных справочниках по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) она не выделяется отдельно, но входит в группу «материнских» фамилий, таких как Матушкин, Материн, Мамкин. Её ценность — в сохранении устаревшей или диалектной формы обращения, которая почти исчезла из живого языка.