Фамилия Матунов чаще всего — это «акающий» вариант фамилии Мотунов. В говорах, где безударное «о» произносится как «а», письменная фиксация фамилии со временем закрепила это звучание. Поэтому искать корень нужно в прозвище Мотун, от которого и пошло родовое именование.

Прозвище Мотун относится к группе «профессиональных» именований, то есть таких, которые указывали на род занятий человека. В основе лежит глагол «мотать» в значении «навертывать, навивать». Логично предположить, что Мотуном называли того, кто занимался мотанием пряжи — важным и трудоемким делом в крестьянском хозяйстве.

Но у глагола «мотать» были и другие, переносные значения: «расточать, безрассудно проживать имущество», а также «колебаться, качаться, болтаться; бродить, шататься; суетиться, бегать хлопотливо туда и сюда». Отсюда и второе прочтение прозвища: в некоторых говорах Мотуном могли назвать долговязого, неуклюжего человека либо, наоборот, ветреного, непостоянного и расточительного. Так что прозвище могло отражать не только ремесло, но и внешность или характер предка.

Степан Веселовский в своих ономастических работах фиксирует родственные прозвища: Мотай, крестьянин конца XV века из Новгорода; Мотало, крестьянин 1564 года из Олонеца; Мотной Григорий, упомянутый в 1541 году в Устюге. Эти примеры показывают, что корень «мот-» активно использовался при образовании личных прозвищ в XV–XVI веках на Русском Севере и в новгородских землях.

Потомки человека с прозвищем Мотун получали отчество-притяжательное именование «Мотунов сын», которое со временем закрепилось как фамилия. В варианте Матунов она встречается в документах XX века: так, в архивах ИЦ УВД Саратовской области отмечена Матунова Надежда Сергеевна, родившаяся в 1946 году. Это лишний раз подтверждает, что написание с «а» в первом слоге стало привычным для носителей фамилии, хотя исторически правильнее связывать её с «о».