Фамилия Матыггулин — редкая, но её происхождение укладывается в прозрачную словообразовательную модель. Основа здесь — «Матыггул», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Матыггулин, то есть сын или потомок человека по имени Матыггул. Такая модель (тюркское имя + русский патронимический суффикс) типична для фамилий, которые складывались в XVI–XIX веках у народов Поволжья, Приуралья и Сибири при контакте с русской административной системой. Фамилии на «-ин» от имён на «-гул» особенно часты у башкир, татар и казахов, но встречаются и у других тюркоязычных групп.

Имя Матыггул — сложное. Первая часть, «Матыг», скорее всего, восходит к арабскому «матик» (малик — «царь, владыка») или к тюркскому «маты» (в диалектах — «крепкий, могучий»). Вторая часть, «-гул», означает «цветок» (персидское گل). Такие двусоставные имена с «гул» были популярны в тюркской среде: например, Алтынгул («золотой цветок»), Бикгул («княжеский цветок»). Матыггул, таким образом, могло означать «царственный цветок» или «могучий цветок» — имя-пожелание красоты и силы.

Встречается двоякое написание: через одно «г» (Матыгулин) и с удвоением (Матыггулин). Двойное «г» может отражать особенности произношения — усиленный, фарингализованный звук в некоторых тюркских говорах, который при записи передавали двумя буквами. В паспортных системах, особенно при советской унификации, написание часто меняли, поэтому разные ветви одного рода могли записать фамилию по-разному.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к тептярям, башкирам-вотчинникам или государственным крестьянам. Среди татар и башкир фамилии на «-ин» от имён с «-гул» нередко получали не знатные, а рядовые общинники: «гул» — цветок, а не титул, и имя не несло указания на высокий ранг. В XIX веке такие фамилии фиксировали в ревизских сказках и метриках, но из-за редкости основы «Матыг» найти ранние упоминания сложно: в доступных ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна или в «Словаре русских фамилий» В. Никонова) эта фамилия не приводится. Это говорит о её локальном бытовании — возможно, в пределах одного-двух уездов на Южном Урале или в Западном Башкортостане.