Фамилия Матынькин — редкий пример того, как суффикс может изменить всю картину происхождения. На первый взгляд она кажется типичной «-ин» фамилией от имени Матыня. Но вот загвоздка: такого имени в русских святцах нет, и в достоверных источниках оно не встречается. Значит, перед нами не каноническое имя, а уличное прозвище, которое превратилось в фамилию.

Чтобы понять корень, отбросим суффикс -кин. Остаётся основа Матынь-. Она явно связана с просторечным именем Матвей — через его уменьшительную форму Матя или Матыня. Суффикс -ыня в русских говорах придавал прозвищу оттенок «большой, крупный, важный» или просто служил для образования ласкательных имён (как Гриня от Григорий, Федя от Фёдор). Матыня — это «большой Матвей» или просто домашнее прозвище Матвея. А Матынька — уже вторичная форма с уменьшительным суффиксом -к-: от неё и пошла фамилия Матынькин, то есть «сын Матыньки».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с диалектным словом «матыга» (мотыга, тяпка). В некоторых говорах «матыгой» могли прозвать человека неуклюжего или, наоборот, работящего, который всё время возится с тяпкой. Тогда Матынькин — потомок того, кого дразнили Матыгой. Однако форма Матынька от «матыга» звучит натянуто: обычно такие прозвища дают суффикс -ин (Матыгин), а не -ынькин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям — там, где имя Матвей было особенно популярно в крестьянской среде, а суффикс -ыня встречался чаще. Сословно это почти наверняка крестьянская фамилия: в дворянских и купеческих родах такие «домашние» формы не приживались. Носители Матынькина — потомки простого человека, которого в деревне звали Матынька, и это прозвище закрепилось за его детьми уже как официальная фамилия после отмены крепостного права.