Фамилия Матынкин — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение суффиксом. Это классическая «-ин» модель, которая в русском языке образовывалась от основ на -а/-я. Иными словами, предка звали Матынка, а его потомки стали Матынкиными. Такая фамилия — отчество второго порядка: «чей сын?» — «Матынкин», то есть внук или сын человека по прозвищу или имени Матынка.

Само имя Матынка — уменьшительная форма от канонического имени Матвей. В народном произношении имя Матвей нередко звучало как «Матый», отсюда и ласкательные варианты: Матыня, Матынка. Это типичная для русских говоров замена конечного -ей на -ый: Матвей превращался в «Матый», а затем в «Матыня». Так что в основе фамилии лежит не редкое, а очень распространённое имя, но прошедшее через местную диалектную обработку. Вероятнее всего, первый носитель фамилии был сыном некоего Матынки, которого так звали в быту, в отличие от официального церковного имени.

Вторая, более редкая версия, отталкивается от диалектного слова «матыга» — так в некоторых южных и западных говорах называли мотыгу, орудие для обработки земли. Прозвище Матыга могли дать крестьянину, который работал мотыгой, или же человеку с грубоватым, «тяп-ляп» характером. Учитывая, что фамилия имеет суффикс -ин, а не -ев, исходная форма от прозвища должна была звучать как «Матыга» (она же дала бы «Матыгин»), а не «Матынка». Поэтому версия с мотыгой менее убедительна, но полностью исключать её нельзя, если в документах встречалась форма «Матыгин» и её вариант «Матынкин» как искажение.

Географически фамилия Матынкин не имеет ярко выраженного ареала, но чаще встречается в центральных и северных областях России, где было распространено имя Матвей и его народные формы. В сословном плане это однозначно фамилия крестьян или посадских людей, поскольку образована от уменьшительного имени, а не от прозвища знатного рода. Дворянские фамилии с суффиксом -ин обычно восходят к полным формам имён или прозвищ, а здесь — чисто бытовая, «домашняя» основа. Таким образом, предки носителей фамилии Матынкин, скорее всего, были обычными крестьянами, которых в семье или в деревне называли Матынками, а в официальных бумагах записали по отцу.