Фамилия Малынкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Малынкин буквально означает «сын Малынки» или «человек из семьи Малынки». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Малынка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой от прилагательного «малый» или прозвища Малой. В старину Малым, Малышом, Малютой называли младшего сына в семье, человека невысокого роста или просто младшего по возрасту. Суффикс -ынк- (или -енк-) в основе — характерная черта южнорусских и украинских говоров, где он придаёт слову ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, Малынка — это «маленький», «кроха», «младшенький».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где форма с суффиксом -ынк- встречается чаще, чем в северных регионах. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Малынкины фиксируются в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях. Это крестьянские фамилии, без дворянских корней: предки Малынкиных — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, получившие фамилию по внутрисемейному прозвищу. Интересно, что у фамилии есть «двойники»: Малышкин, Малютин, Малыхин — все они образованы от одной смысловой основы, но с разными суффиксами, что отражает местные диалектные особенности.

Если копнуть глубже, возможна и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «малынка» могла обозначать не человека, а предмет — например, небольшой мельничный жернов или маленькую ручную мельницу (от «молоть», «мельница»). Но эта гипотеза спорная: прозвища по орудиям труда встречаются реже, чем по личным качествам, и для её подтверждения нет надёжных письменных источников. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — прозвище по возрасту или росту, которое закрепилось за родом.

В современной России фамилия редкая, не входит даже в первую тысячу по частотности. Носители Малынкина живут в основном в Центральном Черноземье и Поволжье, что подтверждает её южнорусское происхождение.