Фамилия Малинкин — из числа тех, что образованы напрямую от прозвища с уменьшительно-ласкательным суффиксом. Её основа — Малинка, а не просто «малина». Суффикс -к- в прозвище придавал ему не столько «уменьшительность» (хотя и её не исключает), сколько значение принадлежности: «тот, кто имеет отношение к малине». Малинкой могли назвать человека за цвет лица, за сладкий нрав, за любовь к ягоде или за то, что он жил у малинника. Но есть и другая, более бытовая версия: в некоторых говорах «малинкой» называли родимое пятно красноватого оттенка. Тогда прозвище переходило по чисто внешнему признаку.

Сама фамилия строится по простой и распространённой модели: основа на -а (Малинк-) плюс притяжательный суффикс -ин. «Малинкин» — буквально «чей?» — сын или потомок Малинки. Такая словообразовательная схема типична для центральной России и Поволжья, где фамилии на -ин так же частотны, как на -ов.

Важно не путать Малинкина с фамилией Малинников. Вторая образована от названия профессии или места (малинник — заросли малины или человек, торгующий малиной), а первая — только от личного прозвища. В дореволюционных переписях Малинкины встречаются в основном среди крестьян и мещан, и география их расселения широкая: от Тверской губернии до Симбирской. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, «ягодная» фамилия, без книжного налёта.

Существует и редкая возможность, что в единичных случаях фамилия могла возникнуть от женского имени Маланья (в просторечии — Малинья, Малинка). Тогда Малинкин — это «сын Малиньи», то есть матримониальная фамилия, что для русской традиции нехарактерно, но в крестьянской среде иногда встречалось, если женщина была единственной кормилицей или главой двора. Однако основная и самая надёжная версия — прозвищная, от ягоды.