Фамилия Малинковская — женская форма фамилии Малинковский, которая, скорее всего, ведет к названию украинского села Малинки в Винницкой области. Это одна из «топонимических» фамилий, которые давали человеку по месту, откуда он родом. Малинковский — тот, кто из Малинок.

История этой фамилии сложнее, чем кажется на первый взгляд. Она типична для польско-украинского пограничья, где веками жили рядом славяне и евреи. В Польше и на Украине было немало выкрестов — иудеев, перешедших в христианство. Такие семьи нередко порывали с прежней общиной и брали фамилии по местности, где жили или откуда происходили. Так фамилия Малиновский (и её вариант Малинковский) закрепилась и у славян, и у ассимилированных евреев. Поэтому сегодня носительница фамилии Малинковская может иметь как славянские, так и еврейские корни — обе линии ведут к одному географическому источнику.

Разница в суффиксе между Малиновский и Малинковский не принципиальна: в польской и украинской традиции фамилии на -ский часто варьировались за счет вставного -к- (Малинка → Малинковский). Такая модель встречается у фамилий, образованных от названий с уменьшительным суффиксом (Малинки, а не Малины). Так что Малинковская — не «испорченная» версия Малиновской, а её равноправный параллельный вариант, возникший в живой речи.