Фамилия Малинкины — редкий пример, когда фамилия на -ин стоит во множественном числе. В большинстве случаев фамилии в этой форме закрепились за целыми семьями или династиями в одном селе: «Малинкины» означает «род Малинкиных». Единоличная фамилия от того же корня — Малинкин.

Основа фамилии — прозвище Малинка. В старой русской традиции ребёнку могли дать «растительное» прозвище, чтобы природа приняла его как своего. Считалось, что вместе с именем ягоды к малышу перейдут её полезные свойства: сладость, здоровье, плодовитость. Но объяснение может быть и бытовым: Малинкой в семье ласково называли любимого ребёнка, и это обращение со временем стало его прозвищем.

Однако не стоит исключать и профессиональную версию. Малинкой могли прозвать не ребёнка, а взрослого — сборщика малины, торговца ягодами или человека, жившего у малинника. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Малина: например, крестьянин Малина упоминается в новгородских землях. От этого прозвища по той же суффиксальной модели (-к- + -ин) и образовалась фамилия Малинкин.

Малинкины — типично русская фамилия по способу образования. Суффикс -ин- указывает на принадлежность: «чей?» — Малинкин, то есть сын или потомок Малинки. Такая модель была основной в северных и центральных областях России, особенно в среде крестьян и мещан.

Географически фамилия встречается в центральных регионах России, но не массово. В дореволюционных метрических книгах Малинкины фиксировались в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — в тех местах, где малина была привычной лесной ягодой, а прозвище Малинка звучало естественно.