Фамилия Малынкина — женская форма фамилии Малынкин, и её стоит разбирать через мужской вариант. Перед нами довольно редкая словообразовательная модель, которая сразу выбивается из ряда привычных «Малышев» или «Малыхин». Суффикс -кин здесь не уменьшительно-ласкательный (как в фамилиях от имён вроде Васькин или Петькин), а указывает на принадлежность к прозвищу, оканчивающемуся на -ыня. Это архаичный, почти исчезнувший тип прозвищ, который сохранился в основном в северных и центральных говорах.

Основа «Малынк-» восходит к прозвищу Малыня. В древнерусском языке суффикс -ыня образовывал существительные со значением лица по характерному признаку: «малыня» — маленький человек, коротышка. В говорах слово могло иметь ироничный оттенок — так могли прозвать невысокого мужчину или, наоборот, крупного парня в насмешку. Сравните с сохранившимися прозвищами Голыня (от «голый», бедный) или Толстыня.

Фамилия образована по патронимической модели: сын Малыни — Малынкин, то есть «чей?» — Малынкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Пушкин, Гагарин. Таким образом, первый носитель фамилии Малынкин был потомком или человеком, приписанным к Малыне. Географически фамилия тяготеет к бывшим Владимирской, Костромской и Нижегородской губерниям — именно там фиксировались прозвища на -ыня в писцовых книгах XVII века.

Встречается и альтернативная версия: связь с украинским или белорусским словом «малинка» (ягода). Но это маловероятно, так как суффикс -ын- в основе «Малынк-» не объясняется через ягодную лексику — в таком случае фамилия писалась бы через «и» (Малинкин). Разница в одной букве здесь принципиальна: корень «мал-» со значением «небольшой» даёт именно прозвищную, а не растительную этимологию.

Сословных ограничений у фамилии нет: Малынкины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия встречается среди государственных крестьян и мещан центральной России. Сейчас Малынкина — редкая фамилия, и её носительница может с высокой вероятностью проследить корни до Владимирского Ополья или костромских деревень, где прозвища на -ыня были в ходу ещё триста лет назад.