Фамилия Маринкин образована напрямую от имени Маринка. Это не уменьшительная форма от Марины, а самостоятельное каноническое имя Марин (мужская параллель к женскому Марина), к которому добавился суффикс -к- (Маринка), а затем и фамильный суффикс -ин. Имя Марин восходит к латинскому marinus — «морской». Так что предок носителя фамилии Маринкин, скорее всего, звался Марином, а в быту его называли Маринкой, и это прозвание закрепилось за его потомками.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Маринкин, то есть сын или потомок Маринки. Такая модель была типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в северных и центральных регионах, фамилии на -ин особенно часты в южнорусских областях, а также на Урале и в Поволжье. Поэтому географически Маринкины могут быть связаны с этими территориями.

Иногда фамилию Маринкин ошибочно связывают с женским именем Марина, но это неверно: женские имена в чистом виде редко становились основой для русских фамилий (исключения вроде Марьин или Аннин — редкость и обычно позднего происхождения). В данном случае основа мужская, хоть и звучит по-женски из-за суффикса -к-.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии с таким суффиксом рассматриваются как типичные для русской антропонимии. Споров по происхождению нет: корень прозрачный, модель образования стандартная. Единственная редкая деталь — имя Марин в современном русском языке почти вышло из употребления, поэтому фамилия сохранила память о нём лучше, чем церковные святцы.