Фамилия Матюханов отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного имени или прозвища Матюхан — так в старину в бытовом общении называли человека по имени Матвей. Само имя Матвей восходит к древнееврейскому Маттитьягу и переводится как «дар Бога» или «дарованный Богом», поэтому в основе фамилии лежит не ремесло и не черта характера, а христианское календарное имя.

Модель образования здесь прозрачная: к основе Матюхан добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывал на сына или потомка. То есть Матюханов буквально значит «сын Матюхана», а сам Матюхан — это уменьшительно-разговорная форма имени Матвей, распространённая в крестьянской и посадской среде. Такие формы с суффиксом -ан (-ян) встречались по всей России, но особенно часто — в северных и центральных губерниях, где любили «укорачивать» календарные имена до простонародного звучания.

Интересно, что рядом с Матюхановым в тех же документах встречаются однокоренные фамилии Матюхин, Матюшин, Матвеев. Они образованы от разных ступеней одного имени: Матюха, Матюша, Матвей. Фамилия Матюханов выделяется на их фоне именно суффиксом -ан-, который придавал имени оттенок фамильярности или даже шутливого отношения. Впрочем, для ономастики это обычное дело: ласкательные и уменьшительные формы имён часто становились основой фамилий, и со временем их эмоциональная окраска стиралась.

Поскольку имя Матвей входило в святцы, фамилия Матюханов не привязана к конкретной местности — её носители могли появиться в любом регионе, где жили православные. Но если судить по распространению аналогичных форм, чаще всего такие фамилии закреплялись в среде крестьян и мещан, где прозвищные «домашние» имена были нормой. В документах XVIII–XIX веков Матюхановы встречаются среди государственных и дворовых крестьян, а также в среде однодворцев южных уездов.

Спорных версий происхождения у фамилии практически нет: корень Мат- однозначно отсылает к имени Матвей. Можно было бы предположить связь с диалектным словом «матюха» (бранщик, сквернослов), но эта гипотеза слабая — форма Матюхан в старинных источниках фиксируется именно как производная от календарного имени, и церковная традиция наречения здесь первична.