Имя Матюхан представляет собой производную форму имени Матвей (Матфей), которое в переводе с древнееврейского означает «дарованный богом». Скорее всего, основатель рода Матюхановых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матюхан, со временем получил фамилию Матюханов.