Фамилия Матюнькина образована от имени Матюнька — так в старину ласково или уменьшительно звали человека по имени Матвей. Само имя Матвей пришло на Русь с христианством и в переводе с древнееврейского означает «человек Божий», «дар Яхве». Но если имя было широко распространено во всех слоях общества, то форма Матюнька с суффиксом -юньк- звучала по-домашнему, по-деревенски. Такие имена-уменьшения чаще бытовали в крестьянской и посадской среде, чем в дворянской, где предпочитали полные формы или книжные варианты. Поэтому, скорее всего, основатель рода Матюнькиных был выходцем из простого сословия — землепашцем, ремесленником или служилым человеком низшего ранга.

Суффикс -ин в конце фамилии указывает на принадлежность: Матюнькина буквально значит «дочь или жена Матюньки», а в историческом контексте — «из семьи Матюньки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён с уменьшительными суффиксами: Петрунькин, Васькин, Гринькин. В мужском варианте фамилия звучит как Матюнькин, и оба написания встречаются одинаково часто. Интересно, что в некоторых говорах имя Матюнька могло закрепиться и как самостоятельное прозвище — так могли называть человека спокойного, богобоязненного, либо, наоборот, с иронией, если он внешне или по характеру напоминал библейского Матфея.

Фамилия не слишком распространена, но встречается в центральной России и Поволжье, где имя Матвей было особенно любимо. В документах XVII–XVIII веков крестьян с именем Матюнька фиксировали без фамилий, а потомки уже получали наследственное прозвание по отцу. Известных дворянских родов с такой фамилией не прослеживается — это ещё раз подтверждает её простонародное происхождение. Сегодня носительница фамилии Матюнькина может с уверенностью сказать, что её предки носили имя Матвей, а сама фамилия сохранила тёплую, домашнюю форму, которая в современном языке почти вышла из употребления.