Имя Матюнька является уменьшительной формой крестильного мужского имени Матвей (в переводе с древнееврейского – «человек Божий»). Скорее всего, основатель рода Матюнькиных был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матюнька, со временем получил фамилию Матюнькина.