Фамилия Матюнькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Матюнькин послужило церковное имя Матвей. Имя Матюнька является уменьшительной формой крестильного мужского имени Матвей (в переводе с древнееврейского – «человек Божий»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матюнька, со временем получил фамилию Матюнькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Матюнькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Матюнькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.